FtM nemi megerősítő műtétek közül különös jelentőséggel bírnak a belső női nemiszervek eltávolítását célzó beavatkozások. A WPATH SOC egyértelműen megfogalmazza a műtét kritériumait, melyek között szerepel a minimum 1 éves hormonterápia, amennyiben az nem ellenjavallt. A méh és petefészek eltávolítás más műtétekkel is kombinálható (például mellkas rekonstrukciók vagy akár péniszképzés). Méh- és petefészek eltávolítást végezhetnek nyílt hasi műtéttel, nyílt műtéttel hüvelyi úton vagy laparoscopos technikával egyaránt. A legelterjedtebb technika a laparoscopos műtét, bár érdemes megemlíteni, hogy számos előnnyel járhat a hüvelyen keresztüli eltávolítás, amely során a hasfalon hegképződés nincs, bár transz férfiak esetén a belső nemiszervek eltávolítása hüvelyi úton műtéttechnikailag nem egyszerű.
Fontos kiemelni, hogy a méh- és petefészek eltávolítás FtM transzneműség esetén nem kötelező, amennyiben valaki a reproduktív képességének megerzőse miatt ettől elsődlegesen elzárkózik. Sok esetben a hosszútávú tesztoszteron hormonterápiát összefüggésbe hozzák a belső női nemiszervek rosszindulatú elváltozásaival, ezért rák prevenciós jelleggel is javasolhatják a fenti szervek eltávolítását. Kiemelendő azonban, hogy az ilyen irányú irodalmi adatok limitáltak és kissé ellentmondásosak is. Indikációt jelenthet a hormonterápia ellenére nem szűnő méhvérzés is, de a leggyakoribb, hogy a nemi dysphoria mérséklése az elsődleges célja a beavatkozásoknak.
A műtétek előtt kötelező tájékoztatni a pácienst az ivarsejtek cryoprezervatiojának ( petesejt fagyasztás) lehetőségéről. A belső nemiszereket eltávoltó műtétek során a petefészket, petevezetékeket, méhet és a méhnyakat távolítják el általában a vaginán keresztül, de a hüvelyt legtöbbször nem írtják ki, mivel későbbi nemiszerv rekonstrukciós műtéteknél a hüvely elülső szöveteit felhasználhatják (például húgycső rekonstrukcióhoz), így jellemzően a péniszképzéssel egyidőben történik meg a vagina eltávolítása (vaginectomia vagy colpocleisis). Amennyiben a páciens későbbi péniszképzési lehetőségektől elzákózik és a vagina egyidejű megszűntetését és teljes kiírtását kéri, úgy az természetesen egy ülésben elvégezhető a méh és petefészek eltávolításával. Mint minden műtétnél a normál BMI index, dohányzás abbahagyása és a hormonterápia szüneteltetése fontos tényezők a szövődmények rizikójának csökkentése érdekében.